潔凈廠房總平面設計的目的是確定藥廠與周圍環境之間以及藥廠內潔凈廠房與各建構）筑物之間的位置關系。
根據GMP的要求，藥品生產企業必須具有整潔的生產環境；廠區的地面、路面及運輸等不應對藥品的生產造成污染；生產、輔助生產及行政生活區的總體布局應合理，不得互相妨礙；廠房應按生產工藝流程及所要求的空氣潔凈度進行合理布局；同一廠房內以及相鄰廠房內的生產操作不得互相妨礙；潔凈廠房應與那些散發污染物的車間、輔助車間或煙囪等保持一定的距離，并居于它們的上風側。可見，對有潔凈廠房的藥廠進行總平面設計時，污染問題是首先要考慮的問題。
潔凈廠房的總平面設計不僅要遵守一般工業廠房的總平面設計原則，而且要按照GMP的要求，遵守下列設計原則:
（1）潔凈廠房應遠離污染源，并布置在全年主導風向的上風側。
有潔凈廠房的藥廠，廠址不宜選在多風沙地區，周圍的環境應清潔，并遠離灰塵、煙氣、有毒和腐蝕性氣體等污染源。如實在不能遠離時，潔凈廠房必須布置在全年主導風向的上風側。
工廠煙囪是典型的灰塵污染源。對有潔凈廠房的工廠進行總平面設計時，不僅要處理好潔凈廠房與煙囪之間的風向位置關系，而且要與煙囪保持足夠的距離。
道路既是振動源也是噪聲源，又是主要的灰塵污染源。對一般道路而言，距路邊50m以內的區域為重污染區，50～100m的區域為較重污染區，10m以外的區域為輕污染區因此有潔凈廠房的工廠應盡量遠離鐵路、公路和機場。在總平面設計時，潔凈廠房不宜布置在主干道兩側，要合理設計潔凈廠房周圍道路的寬度和轉彎半徑，限制重型車量駛入，路面要采用瀝青、混凝土等不易起塵的材料構筑，露土地面要用耐寒草皮覆蓋或種植不產生花絮的樹木。
（2）應有利于生產和管理。
將建（構）筑物按照生產工藝流程的順序和潔凈度要求的不同進行合理組合，可給生產、管理、質檢、送風帶來方便。如目前國內許多中小型藥廠采用的大塊式或組合式布置，既有利于生產和管理，又可以充分利用場地，縮短人流和物流路線，減少污染，降低能耗。
（3）合理布置人流和物流，并避免交叉污染。
對有潔凈廠房的藥廠進行總平面設計時，設計人員應對全廠的人流和物流分布情況進行全面的分析和預測，合理規劃和布置人流和物流通道，并盡可能避免不同物流之間以及物流與人流之間的交叉往返。廠區與外部環境之間以及廠內不同區域之間，可以設置若干個大門。為人流設置的大門，主要用于生產和管理人員出入廠區或廠內的不同區域；為物流設置的大門，只用于廠區與外部環境之間以及廠區內不同區域之間的物流輸送。無關人員或物料不得穿越潔凈區，以免影響潔凈區的潔凈環境。
（4）潔凈廠房區域應布置成獨立小區，區內應無露土地面
藥品污染的最大危險來自環境。按照GMP的要求，在總平面設計時，應盡可能將潔凈廠房所在的區域布置成獨立小區，區內應無露土地面。因此，潔凈廠房周圍的綠化設計具有非常重要的意義通常是以廠房建筑為中心，露土地面鋪種耐寒草皮，四周種植不產生花絮的樹木，或設置水池和圍墻等，形成獨立小區。由于小區內的空氣質量要優于外部環境的空氣質量，故對于廠房內的潔凈環境起到明顯的保護作用。