在食品工廠設(shè)計(jì)裝修中，潔凈室凈化空調(diào)系統(tǒng)通過對(duì)空氣的過濾處理，從而保證了所需要的潔凈度。生物潔凈室需要同時(shí)控制室內(nèi)的塵埃粒子數(shù)及浮游菌和沉降菌，如果不采取必要的消毒措施，僅僅通過凈化空調(diào)系統(tǒng)的三級(jí)過濾處理，將難以長期控制室內(nèi)的微生物數(shù)。
潔凈室凈化空調(diào)系統(tǒng)的二次微生物污染問題越來越受到廣泛的重視，空調(diào)處理裝置在運(yùn)行中必然積累細(xì)菌和塵埃，一旦系統(tǒng)停止運(yùn)行，高溫和高濕的環(huán)境將為微生物的繁殖提供很有利的條件，大量繁殖的微生物及其釋放出的有害物質(zhì)、有害代謝物、尸體和碎片等很大一部分是過濾器無法阻擋的，這將造成微生物的二次污染。
同樣在潔凈室內(nèi)由于人員的活動(dòng)、物品的出入，凈化空調(diào)系統(tǒng)也不可能完全將所有的塵埃和微生物都帶出潔凈室，一部分微生物將會(huì)在潔凈室內(nèi)繼續(xù)繁殖，造成污染。
而對(duì)于生物安全潔凈室而言，由于研究對(duì)象的高度危險(xiǎn)性，防止實(shí)驗(yàn)室內(nèi)的工作人員和實(shí)驗(yàn)室外的環(huán)境受到污染是一切工作的重點(diǎn)，凈化空調(diào)系統(tǒng)必須具有相應(yīng)的消毒措施，才能保證操作維護(hù)人員的安全。
因此，凈化空調(diào)系統(tǒng)和潔凈室必須采取妥善的消毒措施和方法，才能保證生物潔凈室和生物安全潔凈室達(dá)到使用要求。
傳統(tǒng)的生物潔凈室通常采用化學(xué)試劑消毒，這種方法藥味大，難以自然排出，需要空調(diào)長時(shí)間置換新風(fēng)。同時(shí)也存在二次污染的問題，剩余的藥物直接排入大氣，造成對(duì)周圍環(huán)境的污染。如甲醛熏蒸，操作麻煩，熏蒸時(shí)間長，有二次污染物，對(duì)人體有一定的危害。做一次甲熏蒸需8個(gè)小時(shí)，殘留物附著潔凈的墻壁上和設(shè)備的表面上，需要擦除。在消毒后的幾天內(nèi)，其懸浮粒子數(shù)會(huì)增加，對(duì)高效過濾器有一定的損傷。更重要是的是這樣的消毒、滅菌方式難以對(duì)空氣處理裝置、排風(fēng)高效過濾器（高等級(jí)生物安全潔凈室要求）和風(fēng)管進(jìn)行消毒。
近年來臭氧（O3）消毒法越來越多的得到了應(yīng)用。科學(xué)研究表明，臭氧具有強(qiáng)烈的殺菌作用，臭氧在常溫、常壓下分子結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定，很快自行分解成氧氣（O2）和單個(gè)氧原子（O）；后者具有很強(qiáng)的氧化性，對(duì)細(xì)菌有極強(qiáng)的氧化作用，臭氧氧化分解了細(xì)菌內(nèi)部氧化葡萄糖所必須的酶，從而破壞其細(xì)胞膜，將它殺死，多余的氧原子則會(huì)自行重新結(jié)合成為普通氧原子（O2），不存在任何有毒殘留物，故稱無污染消毒劑，它不但對(duì)各種細(xì)菌（包括肝炎病毒，大腸桿菌，綠濃桿菌及雜菌等）有極強(qiáng)的殺滅能力，而且對(duì)殺死霉素也很有效。臭氧水比臭氧氣體具有更強(qiáng)的氧化能力，對(duì)細(xì)菌、孢囊、芽孢菌、病毒等有更強(qiáng)的殺滅能力，殺菌速度比氯快200～3000倍，甚至幾秒鐘內(nèi)可以致死細(xì)菌。對(duì)單細(xì)胞的藻類植物殺滅更快。很多研究和驗(yàn)證表明了其強(qiáng)大的殺菌能力。
臭氧消毒的特點(diǎn)為:
（1）較高的擴(kuò)散性：臭氧為氣體，擴(kuò)散性好，無死角，濃度分布均勻。
（2）殺菌能力強(qiáng)：臭氧殺菌能力與過氧乙酸相當(dāng)，高于其它消毒劑。
（3）廣譜性：適合多種致病微生物，對(duì)大腸桿菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌及甲乙型肝炎病毒、真菌等多種微生物均有很好的殺滅作用。
（4）原料易得：臭氧制備是利用我們周圍的大氣制取，不需儲(chǔ)藏設(shè)施，節(jié)省原料儲(chǔ)存所需的占地面積。
（5）環(huán)保性：臭氧能快速分解成氧氣和單原子氧，單原子氧又可自身結(jié)合成氧分子，故沒有二次污染的問題。被公認(rèn)為是綠色消毒劑。
臭氧的殺菌效果在濕度為50-80％條件下效果最理想，這主要是病毒、細(xì)菌在高濕條件下細(xì)胞壁較疏松，易被臭氧穿透殺滅，在濕度低于30％時(shí)效果較差，所以在使用中應(yīng)特別注意。根據(jù)《消毒技術(shù)規(guī)范》及實(shí)際應(yīng)用經(jīng)驗(yàn)，三十萬級(jí)取2.55ppm（5mg/m3），萬級(jí)取5ppm（10mg/m3），萬級(jí)取15ppm（30mg/m3）、百級(jí)取20ppm（40mg/m3）。當(dāng)然在使用中應(yīng)根據(jù)潔凈室實(shí)際使用情況決定臭氧的濃度，并作相應(yīng)的驗(yàn)證工作。計(jì)算實(shí)際臭氧消毒體積時(shí)，應(yīng)包括三部分V＝V1＋V2＋V3，V1潔凈區(qū)空間體積，V2空氣凈化系統(tǒng)體積，V3補(bǔ)充新風(fēng)量造成臭氧損失的有效體積，實(shí)際計(jì)算過程中V3等于循環(huán)系統(tǒng)總風(fēng)量的1.1％。