制藥廠廠址選擇是根據擬建工程項目所必須具備的條件，結合制藥工業的特點，在擬建地區范圍內，進行詳盡的調查和勘測，并通過多方案比較，提出推薦方案，編制制藥廠廠址選擇報告，經上級主管部門批準后，即可確定廠址的具體位置。
制藥廠廠址選擇是基本建設前期工作的重要環節，是工程項目進行設計的前提。廠址選擇涉及到許多部門，往往矛盾較多，是一項政策性和科學性很強的綜合性工作。制藥廠廠址選擇是否合理，不僅關系到工程項目的建設速度、建設投資和建設質量，而且關系到項目建成后的經濟效益、社會效益和環境效益，并對國家和地區的工業布局和城市規劃，有著深遠的影響。制藥廠因廠址選擇不當、“三廢”不能治理而被迫關停或限期停產治理或限期搬移的例子很多，其結果是造成人力、物力和財力的嚴重損失。因此，在廠址選擇時，必須采取科學、慎重的態度，認真調查研究，確定適宜的廠址。
一、貫徹執行國家的方針政策
選擇制藥廠廠址時，必須貫徹執行國家的方針、政策，遵守國家的法律、法規。廠址選擇要符合國家的長遠規劃及工業布局、國土開發整治規劃和城鎮發展規劃。
二、正確處理各種關系
選擇制藥廠廠址時，要從全局出發，統籌兼顧，正確處理好城市與鄉村、生產與生態、工業與農業、生產與生活、需要與可能、近期與遠期等關系。
三、注意制藥工業對廠址選擇的特殊要求
藥品是一種防治人類疾病、增強人體體質的特殊產品，其質量好壞直接關系到人體健康、藥效和安全。為保證藥品質量，藥品生產必須符合《藥品生產質量管理規范》（簡稱GMP）的要求，在嚴格控制的潔凈環境中生產。由于廠址對藥廠環境的影響具有先天性，因此，選擇廠址時必須充分考慮藥廠對環境因素的特殊要求。工業區應設在城鎮常年主導風向的下風向，但考慮到藥品生產對環境的特殊要求，藥廠廠址應設在工業區的上風位置，廠址周圍應有良好的衛生環境，無有害氣體、粉塵等污染源，也要遠離車站、碼頭等人流、物流比較密集的區域。
四、充分考慮環境保護和綜合利用
保護生態環境是我國的一項基本國策，企業必須對所產生的污染物進行綜合治理，不得造成環境污染。制藥生產中的廢棄物很多，從排放的廢棄物中回收有價值的資源，開展綜合利用，是保護環境的一個積極措施。
五、節約用地
我國是一個山地多、平原少、人口多的國家，人均可耕地面積遠遠低于世界平均水平因此，選擇廠址時要盡量利用荒地、坡地及低產地，少占或不占良田、林地。廠區的面積、形狀和其他條件既要滿足生產工藝合理布局的要求，又要留有一定的發展余地。
六、具備基本的生產條件
制藥廠廠址的交通運輸應方便、暢通、快捷，水、電、汽、原材料和燃料的供應要方便。制藥廠廠址的地下水位不能過高，地質條件應符合建筑施工的要求，地耐力宜在150kn·m2以上。制藥廠廠址的自然地形應整齊、平坦，這樣既有利于工廠的總平面布置，又有利于場地排水和廠內的交通運輸。此外，廠址不能選在風景名勝區、自然保護區、文物古跡區等特殊區域。
以上是制藥廠廠址選擇的一些基本原則。實際上，要選擇一個理想完善的廠址是非常困難的。因此，選擇廠址時，應根據廠址的具體特點和要求，抓主要矛盾，首先滿足對藥廠的生存和發展有重要影響的要求，然后再盡可能滿足其他要求，選擇適宜的廠址。