送入藥廠潔凈室（區(qū)）的空氣要與藥廠潔凈室（區(qū)）的潔凈等級、溫度和濕度相適應(yīng)，因此，空氣不僅要經(jīng)過一系列的凈化處理，而且要經(jīng)過加熱、冷卻或加濕、去濕處理。下圖是典型的凈化空調(diào)系統(tǒng)流程示意圖。
上圖所示的流程采用了一級初效、二級中效和三級高效過濾器，可用于任何潔凈等級的潔凈室。凈化空調(diào)系統(tǒng)的初效和中效過濾器一般集中布置在空調(diào)機(jī)房，而三級高效過濾器常布置在凈化空調(diào)系統(tǒng)的末端，如潔凈室的頂棚上，以防送入潔凈室的潔凈空氣再次受到污染。若潔凈室的潔凈等級低于D級，則凈化空調(diào)系統(tǒng)中可不設(shè)高效過濾器。若潔凈室內(nèi)存在易燃易爆氣體或粉塵，則凈化空調(diào)系統(tǒng)不能采用回風(fēng)，以防易燃易爆物質(zhì)的積聚。
許多藥物生產(chǎn)所用的潔凈室均要設(shè)置獨(dú)立的空調(diào)凈化系統(tǒng)，如避孕藥物、β-內(nèi)酰胺類藥物（青霉素類藥物）、激素類藥物和放射性藥物等。
青霉素類等高致敏性藥物所用空調(diào)凈化系統(tǒng)的排風(fēng)口應(yīng)遠(yuǎn)離其他空氣凈化系統(tǒng)的進(jìn)風(fēng)口，并安裝高效過濾器，使排出氣體中無殘留的青霉素類藥物，以免對環(huán)境造成污染。
激素等對人體有嚴(yán)重危害的藥物，凈化空調(diào)系統(tǒng)的循環(huán)送風(fēng)應(yīng)經(jīng)過初效、中效和高效三級過濾器，其目的并非為了控制室內(nèi)粉塵的粒度，而是為了濾除循環(huán)空氣中的有害藥物粉塵，以減少對工作人員健康的危害。
放射性藥物生產(chǎn)區(qū)排出的空氣不能循環(huán)使用，排氣應(yīng)符合國家關(guān)于輻射防護(hù)的有關(guān)要求和規(guī)定，其中不應(yīng)含有放射性微粒，以免對環(huán)境造成污染。
干燥、稱重和包裝工序的成品，均處于敞口狀態(tài)，送風(fēng)口和回風(fēng)口的位置很重要，一般以頂部或側(cè)面送風(fēng)，下側(cè)回風(fēng)方式為好，以免粉塵飛揚(yáng)。粉碎、過篩工序會產(chǎn)生大量粉塵，致使車間內(nèi)部無法控制粉塵粒度，此時僅需控制溫度和濕度，給工作人員一個舒適的環(huán)境。